Tutvustus ja teenused | Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituut

TÜ üksuste kontaktandmed

humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
Faculty phone: 
737 5341
Faculty address: 
Jakobi 2, ruumid 116–121, 51014 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5341
    Faculty address: 
    Jakobi 2, ruumid 116–121, 51005 Tartu
  • ajaloo ja arheoloogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5651
    Faculty address: 
    Jakobi 2, 51005 Tartu
  • eesti ja üldkeeleteaduse instituut
    Faculty phone: 
    737 5221
    Faculty address: 
    Jakobi 2, IV korrus, 51005 Tartu
  • filosoofia ja semiootika instituut
    Faculty phone: 
    737 5314
    Faculty address: 
    Jakobi 2, ruumid 309–352, 51005 Tartu
  • kultuuriteaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5223
    Faculty address: 
    Ülikooli 16, 51003 Tartu
  • maailma keelte ja kultuuride kolledž
    Faculty address: 
    Lossi 3, 51003 Tartu
  • usuteaduskond
    Faculty phone: 
    737 5300
    Faculty address: 
    Ülikooli 18-310, 50090 Tartu
  • Viljandi kultuuriakadeemia
    Faculty phone: 
    435 5232
    Faculty address: 
    Posti 1, 71004 Viljandi
sotsiaalteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5957
Faculty address: 
Lossi 36, 51003 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5900
    Faculty address: 
    Lossi 36, 51003 Tartu
  • haridusteaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 6440
    Faculty address: 
    Salme 1a–29, 50103 Tartu
  • Johan Skytte poliitikauuringute instituut
    Faculty phone: 
    737 5582
    Faculty address: 
    Lossi 36–301, 51003 Tartu
  • majandusteaduskond
    Faculty phone: 
    737 6310
    Faculty address: 
    J. Liivi 4, 50409 Tartu
  • psühholoogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5902
    Faculty address: 
    Näituse 2, 50409 Tartu
  • õigusteaduskond
    Faculty phone: 
    737 5390
    Faculty address: 
    Näituse 20–324, 50409 Tartu
  • ühiskonnateaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5188
    Faculty address: 
    Lossi 36, 51003 Tartu
  • Narva kolledž
    Faculty phone: 
    740 1900
    Faculty address: 
    Raekoja plats 2, 20307 Narva
  • Pärnu kolledž
    Faculty phone: 
    445 0520
    Faculty address: 
    Ringi 35, 80012 Pärnu
meditsiiniteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5326
Faculty address: 
Ravila 19, 50411 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5326
    Faculty address: 
    Ravila 19, 50411 Tartu
  • bio- ja siirdemeditsiini instituut
    Faculty phone: 
    737 4210
    Faculty address: 
    Biomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu
  • farmaatsia instituut
    Faculty phone: 
    737 5286
    Faculty address: 
    Nooruse 1, 50411 Tartu
  • hambaarstiteaduse instituut
    Faculty phone: 
    731 9856
    Faculty address: 
    Raekoja plats 6, 51003 Tartu
  • kliinilise meditsiini instituut
    Faculty phone: 
    737 5323
    Faculty address: 
    L. Puusepa 8, 50406 Tartu
  • peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
    Faculty phone: 
    737 4190
    Faculty address: 
    Ravila 19, 50411 Tartu
  • sporditeaduste ja füsioteraapia instituut
    Faculty phone: 
    737 5360
    Faculty address: 
    Jakobi 5–205, 51005 Tartu
loodus- ja täppisteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5820
Faculty address: 
Vanemuise 46–208, 51014 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5820
    Faculty address: 
    Vanemuise 46–208, 51005 Tartu
  • arvutiteaduse instituut
    Faculty phone: 
    737 5445
    Faculty address: 
    J. Liivi 2, 50409 Tartu
  • Eesti mereinstituut
    Faculty phone: 
    671 8902
    Faculty address: 
    Mäealuse 14, 12618 Tallinn
  • füüsika instituut
    Faculty address: 
    W. Ostwaldi 1, 50411 Tartu
  • keemia instituut
    Faculty phone: 
    737 5261
    Faculty address: 
    Ravila 14a, 50411 Tartu
  • matemaatika ja statistika instituut
    Faculty phone: 
    737 5860
    Faculty address: 
    J. Liivi 2, 50409 Tartu
  • molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5011
    Faculty address: 
    Riia 23, 23b–134, 51010 Tartu
  • Tartu observatoorium
    Faculty phone: 
    737 4510
    Faculty address: 
    Observatooriumi 1, Tõravere, 61602 Tartumaa
  • tehnoloogiainstituut
    Faculty phone: 
    737 4800
    Faculty address: 
    Nooruse 1, 50411 Tartu
  • ökoloogia ja maateaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5835
    Faculty address: 
    Vanemuise 46, 51003 Tartu
Asutused
  • raamatukogu
    Faculty phone: 
    737 5702
    Faculty address: 
    W. Struve 1, 50091 Tartu
  • teaduskool
    Faculty phone: 
    737 5581
    Faculty address: 
    Uppsala 10, 51003 Tartu
  • genoomika instituut
    Faculty phone: 
    737 4000
    Faculty address: 
    Riia 23b, 51010 Tartu
  • muuseum
    Faculty phone: 
    737 5674
    Faculty address: 
    Lossi 25, 51003 Tartu
  • loodusmuuseum ja botaanikaaed
    Faculty phone: 
    737 6076
    Faculty address: 
    Vanemuise 46, 51003 Tartu
Tugiüksused
  • ettevõtlus- ja innovatsioonikeskus
    Faculty phone: 
    737 6339
    Faculty address: 
    Lossi 3, III korrus, 51003 Tartu
  • grandikeskus
    Faculty phone: 
    737 6215
    Faculty address: 
    Lossi 3, III korrus, 51003 Tartu
  • hankeosakond
    Faculty phone: 
    737 6632
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • infotehnoloogia osakond
    Faculty phone: 
    737 6000, arvutiabi: 737 5500
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kantselei
    Faculty phone: 
    737 5606
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kinnisvaraosakond
    Faculty phone: 
    737 5137
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kirjastus
    Faculty phone: 
    +372 737 5945
    Faculty address: 
    W. Struve 1, 50091 Tartu
  • personaliosakond
    Faculty phone: 
    737 5145
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, ruumid 302 ja 304, 50090 Tartu
  • rahandusosakond
    Faculty phone: 
    737 5125
    Faculty address: 
    Jakobi 4, 51005 Tartu
  • rektoraadi büroo
    Faculty phone: 
    737 5600
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, 51014 Tartu
  • siseauditi büroo
    Faculty address: 
    Ülikooli 17–103, 51005 Tartu
  • Tallinna esindus
    Faculty phone: 
    737 6600
    Faculty address: 
    Teatri väljak 3, 10143 Tallinn
  • turundus- ja kommunikatsiooniosakond
    Faculty phone: 
    737 5687
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210, 50090 Tartu
  • õppeosakond
    Faculty phone: 
    737 5620
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, 50090 Tartu
  • üliõpilasesindus
    Faculty phone: 
    737 5400
    Faculty address: 
    Ülikooli 18b, 51005 Tartu
Muud üksused
  • MTÜ Tartu Ülikooli Akadeemiline Spordiklubi
    Faculty phone: 
    737 5371
    Faculty address: 
    Ujula 4, 51008 Tartu
  • MTÜ Tartu Üliõpilasküla
    Faculty phone: 
    740 9959
    Faculty address: 
    Narva mnt 25, 51013 Tartu
  • MTÜ Tartu Üliõpilasmaja
    Faculty phone: 
    730 2400
    Faculty address: 
    Kalevi 24, Tartu
  • SA Tartu Ülikooli Kliinikum
    Faculty phone: 
    731 8111
    Faculty address: 
    L. Puusepa 1a, 50406 Tartu
  • Tartu Ülikooli Sihtasutus
    Faculty phone: 
    737 5852
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a–106, Tartu

TÜ üksuste kontaktandmed

humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
Faculty phone: 
737 5341
Faculty address: 
Jakobi 2, ruumid 116–121, 51014 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5341
    Faculty address: 
    Jakobi 2, ruumid 116–121, 51005 Tartu
  • ajaloo ja arheoloogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5651
    Faculty address: 
    Jakobi 2, 51005 Tartu
  • eesti ja üldkeeleteaduse instituut
    Faculty phone: 
    737 5221
    Faculty address: 
    Jakobi 2, IV korrus, 51005 Tartu
  • filosoofia ja semiootika instituut
    Faculty phone: 
    737 5314
    Faculty address: 
    Jakobi 2, ruumid 309–352, 51005 Tartu
  • kultuuriteaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5223
    Faculty address: 
    Ülikooli 16, 51003 Tartu
  • maailma keelte ja kultuuride kolledž
    Faculty address: 
    Lossi 3, 51003 Tartu
  • usuteaduskond
    Faculty phone: 
    737 5300
    Faculty address: 
    Ülikooli 18-310, 50090 Tartu
  • Viljandi kultuuriakadeemia
    Faculty phone: 
    435 5232
    Faculty address: 
    Posti 1, 71004 Viljandi
sotsiaalteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5957
Faculty address: 
Lossi 36, 51003 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5900
    Faculty address: 
    Lossi 36, 51003 Tartu
  • haridusteaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 6440
    Faculty address: 
    Salme 1a–29, 50103 Tartu
  • Johan Skytte poliitikauuringute instituut
    Faculty phone: 
    737 5582
    Faculty address: 
    Lossi 36–301, 51003 Tartu
  • majandusteaduskond
    Faculty phone: 
    737 6310
    Faculty address: 
    J. Liivi 4, 50409 Tartu
  • psühholoogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5902
    Faculty address: 
    Näituse 2, 50409 Tartu
  • õigusteaduskond
    Faculty phone: 
    737 5390
    Faculty address: 
    Näituse 20–324, 50409 Tartu
  • ühiskonnateaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5188
    Faculty address: 
    Lossi 36, 51003 Tartu
  • Narva kolledž
    Faculty phone: 
    740 1900
    Faculty address: 
    Raekoja plats 2, 20307 Narva
  • Pärnu kolledž
    Faculty phone: 
    445 0520
    Faculty address: 
    Ringi 35, 80012 Pärnu
meditsiiniteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5326
Faculty address: 
Ravila 19, 50411 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5326
    Faculty address: 
    Ravila 19, 50411 Tartu
  • bio- ja siirdemeditsiini instituut
    Faculty phone: 
    737 4210
    Faculty address: 
    Biomeedikum, Ravila 19, 50411 Tartu
  • farmaatsia instituut
    Faculty phone: 
    737 5286
    Faculty address: 
    Nooruse 1, 50411 Tartu
  • hambaarstiteaduse instituut
    Faculty phone: 
    731 9856
    Faculty address: 
    Raekoja plats 6, 51003 Tartu
  • kliinilise meditsiini instituut
    Faculty phone: 
    737 5323
    Faculty address: 
    L. Puusepa 8, 50406 Tartu
  • peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
    Faculty phone: 
    737 4190
    Faculty address: 
    Ravila 19, 50411 Tartu
  • sporditeaduste ja füsioteraapia instituut
    Faculty phone: 
    737 5360
    Faculty address: 
    Jakobi 5–205, 51005 Tartu
loodus- ja täppisteaduste valdkond
Faculty phone: 
737 5820
Faculty address: 
Vanemuise 46–208, 51014 Tartu
  • valdkonna dekanaat
    Faculty phone: 
    737 5820
    Faculty address: 
    Vanemuise 46–208, 51005 Tartu
  • arvutiteaduse instituut
    Faculty phone: 
    737 5445
    Faculty address: 
    J. Liivi 2, 50409 Tartu
  • Eesti mereinstituut
    Faculty phone: 
    671 8902
    Faculty address: 
    Mäealuse 14, 12618 Tallinn
  • füüsika instituut
    Faculty address: 
    W. Ostwaldi 1, 50411 Tartu
  • keemia instituut
    Faculty phone: 
    737 5261
    Faculty address: 
    Ravila 14a, 50411 Tartu
  • matemaatika ja statistika instituut
    Faculty phone: 
    737 5860
    Faculty address: 
    J. Liivi 2, 50409 Tartu
  • molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Faculty phone: 
    737 5011
    Faculty address: 
    Riia 23, 23b–134, 51010 Tartu
  • Tartu observatoorium
    Faculty phone: 
    737 4510
    Faculty address: 
    Observatooriumi 1, Tõravere, 61602 Tartumaa
  • tehnoloogiainstituut
    Faculty phone: 
    737 4800
    Faculty address: 
    Nooruse 1, 50411 Tartu
  • ökoloogia ja maateaduste instituut
    Faculty phone: 
    737 5835
    Faculty address: 
    Vanemuise 46, 51003 Tartu
Asutused
  • raamatukogu
    Faculty phone: 
    737 5702
    Faculty address: 
    W. Struve 1, 50091 Tartu
  • teaduskool
    Faculty phone: 
    737 5581
    Faculty address: 
    Uppsala 10, 51003 Tartu
  • genoomika instituut
    Faculty phone: 
    737 4000
    Faculty address: 
    Riia 23b, 51010 Tartu
  • muuseum
    Faculty phone: 
    737 5674
    Faculty address: 
    Lossi 25, 51003 Tartu
  • loodusmuuseum ja botaanikaaed
    Faculty phone: 
    737 6076
    Faculty address: 
    Vanemuise 46, 51003 Tartu
Tugiüksused
  • ettevõtlus- ja innovatsioonikeskus
    Faculty phone: 
    737 6339
    Faculty address: 
    Lossi 3, III korrus, 51003 Tartu
  • grandikeskus
    Faculty phone: 
    737 6215
    Faculty address: 
    Lossi 3, III korrus, 51003 Tartu
  • hankeosakond
    Faculty phone: 
    737 6632
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • infotehnoloogia osakond
    Faculty phone: 
    737 6000, arvutiabi: 737 5500
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kantselei
    Faculty phone: 
    737 5606
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kinnisvaraosakond
    Faculty phone: 
    737 5137
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a, 51005 Tartu
  • kirjastus
    Faculty phone: 
    +372 737 5945
    Faculty address: 
    W. Struve 1, 50091 Tartu
  • personaliosakond
    Faculty phone: 
    737 5145
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, ruumid 302 ja 304, 50090 Tartu
  • rahandusosakond
    Faculty phone: 
    737 5125
    Faculty address: 
    Jakobi 4, 51005 Tartu
  • rektoraadi büroo
    Faculty phone: 
    737 5600
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, 51014 Tartu
  • siseauditi büroo
    Faculty address: 
    Ülikooli 17–103, 51005 Tartu
  • Tallinna esindus
    Faculty phone: 
    737 6600
    Faculty address: 
    Teatri väljak 3, 10143 Tallinn
  • turundus- ja kommunikatsiooniosakond
    Faculty phone: 
    737 5687
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210, 50090 Tartu
  • õppeosakond
    Faculty phone: 
    737 5620
    Faculty address: 
    Ülikooli 18, 50090 Tartu
  • üliõpilasesindus
    Faculty phone: 
    737 5400
    Faculty address: 
    Ülikooli 18b, 51005 Tartu
Muud üksused
  • MTÜ Tartu Ülikooli Akadeemiline Spordiklubi
    Faculty phone: 
    737 5371
    Faculty address: 
    Ujula 4, 51008 Tartu
  • MTÜ Tartu Üliõpilasküla
    Faculty phone: 
    740 9959
    Faculty address: 
    Narva mnt 25, 51013 Tartu
  • MTÜ Tartu Üliõpilasmaja
    Faculty phone: 
    730 2400
    Faculty address: 
    Kalevi 24, Tartu
  • SA Tartu Ülikooli Kliinikum
    Faculty phone: 
    731 8111
    Faculty address: 
    L. Puusepa 1a, 50406 Tartu
  • Tartu Ülikooli Sihtasutus
    Faculty phone: 
    737 5852
    Faculty address: 
    Ülikooli 18a–106, Tartu

Tutvustus ja teenused

2011. aasta märtsis asutati Tartu Ülikooli arstiteaduskonna alla kliinilise genoomika tuumiklabor (KGT), mis pakub sekveneerimise teenuseid erinevatele uurimisgruppidele Tartu Ülikoolis ja mujal. Hetkel on KGT kasutada kaks SOLiD 5500W platvormi, Ion Torrent PGM platvorm, OpenArray AccuFill süsteem, 7900HT Fast reaal-aja PCR süsteem ja kõik vajalik lisavarustus. Lisaks on olemas PreCellys 24 süsteem koos Cryolys jahutiga ja FastPrep 24 süsteem kudede homogeniseerimiseks. Andmeanalüüsi jaoks on ligipääs kahele klasterarvutite süsteemile (asuvad Tartu Ülikoolis Biomeedikumis ja Tartu Ülikooli teadusarvutuste keskuses).

SOLiD 5500 Wildfire (W) süsteem baseerub sekveneerimisel järjestikuse ligeerimise läbi. Tulemuseks saadakse lühikesed järjestused (kuni 75 ap 5’-3’ suunas ja 50 ap 3’-5’ suunas), mida saab kõrvutada referents järjestusega või järjestada de novo algoritmi abil. Võrreldes DNA polümeraasil baseeruvate sekveneerimise tehnoloogiatega, on ligeerimisel saadud tulemused täpsemad (täpsus kuni 99,9999 %), kuna kasutatakse colour-space meetodit ja iga nukleotiidi sekveneeritakse topelt. SOLiD 5500W platvorm on optimaalne suuremate projektide jaoks. Samas võtame vastu ka väiksemaid projekte, kuna pakume teenust ka ühe sekvenaatori raja kaupa. SOLiD 5500W platvorm võimaldab ühe jooksutamisega saada kuni 320 miljardit aluspaari (Gb) kõrge kvaliteediga sekveneerimise andmeid. Korraga saab sekveneerida kuni 72 eksoomi või transkriptoomi või kuni 288 väikese RNA proovi või teatud juhtudel isegi rohkem.

Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine) on teise generatsiooni sekvenaator, mis detekteerib sekveneerimise käigus muutusi pH tasemes – ei vaja kaamerat. Seega on see platvorm ideaalne kiireks ja lihtsaks sekveneerimiseks. Kokku on kolmes erinevas suuruses kiipe – saab sekveneerida kuni 400 ap järjestusi ja on võimalik saada kuni 2 Gb infot ühe jooksutamisega. Alustades raamatukogu tegemisest ja lõpetades andmeanalüüsiga on võimalik kogu protsess ära teha kahe päevaga. Lisaks on Ion Torrent PGM-ga võimalik kasutada mitmeid tootja poolt valmispaneele RNA ja DNA proovide sekveneerimiseks
(Ion AmpliSeq Target Selection Technology).

OpenArray AccuFill süsteem on sobilik nii genotüpeerimiseks kui ka qRT-PCR tegemiseks. Korraga saab ühel OpenArray plaadil uurida 16 - 256 SNPd. OpenArray tehnoloogias kasutatakse spetsiaalseid plaate, milles on 3072 33 nl suurust reaktorit. Genoomset DNAd kulub ühe subarray kohta 125 ng. Plaate on mitmes erinevas formaadis alates 144 proovile 16 SNP uurimiseks kuni 12 proovile 256 SNP uurimiseks. Iga genotüpeerimsplaat on juba eelnevalt laetud 16 kuni 256 TaqMani assayga. Ühes tööpäevas jõuab amplifitseerida ja skaneerida kuni kuus TaqMani OpenArray genotüpeerimise plaati. Minimaalne plaatide arv projekti kohta on 10.

Fast Real-Time PCR süsteem on sobilik väiksematele projektidele ja sellega saab nii genotüpeerida kui uurida geeni ekspressiooni. TaqMani SNP genotüpeerimise assayde abil saab detekteerida polümorfisme erinevates genoomides. Tehnoloogia baseerub 5’ nukleaasi assay keemial koos TaqMani MGB märgistega. Assayd on ideaalsed genotüpeerimiseks, kaasa arvatud skriinimiseks, assotsiatsiooni, kandidaatgeenide, kandidaatregioonide, fine-mapping analüüsideks. Meile on vaja edastada vajalik SNP informatsioon (spetsiaalne Applied Biosystems SNP assay number). Kasutame 384-auguga plaadi süsteemi, mis on sobilik uurimaks korraga kümneid SNPsid tuhandetes proovides. Suuremamahuliste projektide jaoks peaks kaaluma OpenArray platvormi kasutamist. Geeniekspressiooni uurimiseks kasutame TaqMani geeniekspressiooni assaysid. Ekspressiooni analüüsiks on meile vaja edastada Applied Biosystems geeniekspressiooni assay number.

Teenused

SNP ja CNV genotüpeerimine
Aplikatsioonid:
Kogu genoomi sekveneerimine (SOLiD System)
Kogu eksoomi sekveneerimine (SOLiD System)
Targeted sekveneerimine (SOLiD System, Ion Torrent PGM)
Custom SNP genotüpeerimine (OpenArray AccuFill System, TaqMan genotüpeerimise platform)
Custom CNV analüüs (TaqMan CNV platvorm)

InDelid, inversioonid
Aplikatsioonid:
Kogu genoomi sekveneerimine (SOLiD System)
Kogu eksoomi sekveneerimine (SOLiD System)
Targeted sekveneerimine (SOLiD System, Ion Torrent PGM)

Geeni ekspressiooni analüüs
Aplikatsioonid:
Kogu transkriptoomi sekveneerimine (SOLiD System, Ion Torrent PGM)
Väikese RNA sekveneerimine (SOLiD System, Ion Torrent PGM)
Custom RNA sekveneerimine (Ion Torrent PGM)
Ühe või mitme geeni ekspressiooni analüüs (TaqMan qRT-PCR genotüpeerimise platform)

Epigeneetika
Aplikatsioonid:
Metülatsiooni analüüs (SOLiD System, Ion Torrent PGM)
ChIP seq (SOLiD System, Ion Torrent PGM)

De novo sekveneerimine
Aplikatsioonid:
Kogu genoomi sekveneerimine (SOLiD System)

Nõudmised materjalidele

SOLiD platvormi aplikatsioonid:
Kogu genoomi sekveneerimine - mate-pair raamatukogu: 1-5 µg gDNA; fragment raamatukogu: 10 ng -5 µg gDNA
Kogu eksoomi sekveneerimine (inimene) – input 3 µg gDNA
Kogu transkriptoomi sekveneerimine – 50 ng -10 µg totaalset RNAd
Väikese RNA sekveneerimine – ≤ 1 µg total RNA või puhastatud väike RNA

Ion PGM aplikatsioonid:
Ion AmpliSeq Target Selections tehnoloogia:
Custom ja valmispaneelid – DNA –10-40 ng gDNA, FFPE DNA
Custom ja valmispaneelid – RNA –500 pg totaalset RNAd, 5 ng FFPE RNA
DNA sekveneerimine – fragment raamatukogu input 100 ng – 1 µg gDNA
Väikese RNA sekveneerimine – ≤  1µg total RNA või puhastatud väike RNA

OpenArray AccuFill süsteemi aplikatsioonid:
Custom SNP genotüpeerimine – TaqMani genotüpeerimine: 125 ng gDNA per subarray (soovitatav kontsentratsiooni inimese proovidele on 50ng/µl)

Fast Real-Time PCR süsteemi aplikatsioonid:
Custom SNP genotüpeerimine – 40 ng gDNA
Custom CNV analüüs – 20 ng gDNA
Ühe või mitme geeni ekspressiooni analüüs (absoluutne ja relatiivne kvantiteerimine): RNA või cDNA hulk sõltub uuritavast geenist

Muud teenused:

  • Koe homogeniseerimine: PreCellys 24 süsteem koos Cryolysiga või FastPrep 24 süsteem
  • DNA eraldamine rakkudest või kudedest (varasem kogemus olemas embrüote, rakukultuuride, vereproovide, luu-, kõhr- ja rasvkoega, platsentaga, põsekaape proovidega)
  • RNA eraldamine rakkudest ja kudedest (varasem kogemus olemas embrüote, spermarakkude, rakukultuuride, PBMCde, vereproovide, lihas-, luu-, kõhr-, aju- ja rasvkoega, platsentaga, nahabiopsiatega)
  • DNA ja RNA kvantiteerimine: NanoDrop 2000 ja Qubit 2.0.
  • Fragmenteeritud DNA kvaliteedi määramine: Agilent 2100 Bioanalyzer
  • Totaalse ja fragmenteeritud RNA kvaliteedi määramine: Agilent 2100 Bioanalyzer
  • Andmeanalüüs (teise generatsiooni sekveneerimise andmed)
    • Primaarne
    • Sekundaarne
    • Tertsiaalne
    • Visualiseerimine (Circos, IGV, UCSC, CLC Bio, R)

Lisainformatsiooni ja hinnapakkumiste saamiseks kirjutage oma soovid järgnevale aadressile: ene.reimann [ät] ut.ee

Palun edastage järgnev informatsioon: platvormi nimi, aplikatsiooni nimi, proovide arv.